individualistische tijdgeest en paarse coalitie (1986-2002)
Mede als gevolg van interne affaires en conflicten in de partijtop ging een groot deel van de zetelwinst bij de Tweede-Kamerverkiezingen in 1986 verloren. Het aantal van 27 liberale zetels was echter nog wel hoog genoeg om de regeringssamenwerking met het CDA in het tweede kabinet-Lubbers voort te zetten. Nijpels werd nu minister; J.J.C. Voorhoeve volgde hem op als voorzitter van de Tweede-Kamerfractie.
Voorhoeve ontpopte zich geleidelijk als de politiek leider van de VVD. In die functie kwam hij regelmatig in botsing met premier Lubbers. In 1989 veroorzaakte Voorhoeve de val van het kabinet. De liberale fractie was het niet eens met het regeringsvoorstel om het reiskostenforfait af te schaffen. Hoewel de VVD-ministers het voorstel steunden, diende Voorhoeve een afkeurende motie in. Voordat deze in stemming werd gebracht, kondigde premier Lubbers het ontslag van zijn kabinet aan. Bij de verkiezingen moest de VVD als ‘breker' betalen: de liberalen verloren vijf zetels en belandden in de oppositie. In 1990 trok Voorhoeve zich terug als fractievoorzitter; hij werd opgevolgd door F. Bolkestein.
Onder het leiderschap van Bolkestein maakte de VVD een enorme electorale comeback. De partij profiteerde van de liberale, individualistische tijdgeest die na de ondergang van het communisme in Oost-Europa en de Sovjet-Unie over het Westen vaardig was geworden. Daarnaast kon de VVD zich goed profileren in de oppositie tegen het derde kabinet-Lubbers van CDA en PvdA. Bij de Tweede-Kamerverkiezingen in 1994 verwierven de liberalen 31 zetels. Bij de Provinciale Statenverkiezingen een jaar later behaalde de VVD voor het eerst meer zetels dan welke andere partij ook, waardoor zij in de Eerste Kamer de grootste fractie kon vormen. Inmiddels was de VVD weer tot de regering toegetreden. Samen met de vroegere politieke aartsvijand PvdA en D66 maakten de liberalen sinds 1994 deel uit van de ‘paarse coalitie'. Ondanks zijn lijsttrekkerschap bij de verkiezingen trad Bolkestein niet tot het eerste kabinet-Kok toe; hij bleef voorzitter van de Tweede-Kamerfractie. Als zodanig gaf hij diverse malen de stoot tot politieke discussies over netelige maatschappelijke vraagstukken, zoals de islam en immigratie. Bij de verkiezingen van 1998 werd de VVD met 38 zetels de op één na grootste partij in de Tweede Kamer. Kort na de formatie van het tweede kabinet-Kok trad Bolkestein verrassend af als fractievoorzitter en werd H.F. Dijkstal gepromoveerd tot politiek leider van de VVD.